14世纪，在帕竹地方政权统治时期，一个出生于公元1357年，名叫宗喀巴·洛桑扎巴的青年从青海来到西藏学习经典，转正法轮。藏传佛教由于各寺庙喇嘛违反教规，生活腐败，使虔诚的佛教徒对佛失去信心。宗喀巴大师看到这种情况决心重振佛教，严肃教规，对佛教进行了改革。由于宗喀巴以噶当派的教义为基础，创立了格鲁派，噶当派也就先后改宗格鲁教派。他的弟子们修建了众多的寺庙学经传法。到了16世纪中叶，格鲁派已传遍藏区各地。
   
    宗喀巴的侄子根敦珠巴，在日喀则创建了扎什伦布寺，并出任该寺的第一任住持。后被追认为第一世达赖喇嘛。宗喀巴弟子加央曲杰在拉萨附近修建了哲蚌寺。在二世达赖喇嘛根敦嘉措任住持期间，哲蚌寺曾有l万多名僧人在此学习，哲蚌寺成为格鲁派的第一大寺院。
   
    三世达赖喇嘛索南嘉措，公元1543年生于前藏堆龙地方。索南嘉措一生的最大成就，就是把格鲁派教义传播到内蒙古，使蒙古人改奉格鲁派。公元1578年，索南嘉措应俺答汗之请，来到青海，在仰华寺与俺答汗会晤。会见后，俺答汗赠送索南嘉措“圣识一切瓦齐尔达赖喇嘛”的尊号。“达赖”是蒙古语大海的意思。“喇嘛”是藏语上师活佛的意思。从此才有了“达赖喇嘛”这个称号。后人追认根敦珠巴为一世达赖喇嘛，根敦嘉措为二世达赖喇嘛。